礁溪溫泉是台灣重要的溫泉區之一，溫泉區日漸發展，溫泉旅館快速增加，溫泉水資源的使用與管理，面臨極大的挑戰。研究指出本區溫泉已經超抽，並導致溫泉分布範圍縮小與溫度降低。然而，因缺乏長期水位與水溫的監測數據，本區溫泉的成因、是否已過度抽用？仍無法定論。因此，為了瞭解現今溫泉區之狀況以及未來的永續發展，需要建立起此區之長期資料庫。

本研究藉由井溫剖面的量測，水文地質鑽探等資料綜合整理，提出一較具體的溫泉生成模式。並設立四個監測站，監測水位及水溫，以瞭解溫泉水資源的長期變化。

礁溪溫泉的來源為西測坡地下的四崚砂岩，熱水由砂岩裂隙上湧，進入上覆的沖積層後，向下游呈水平流動。熱水分布呈西北－東南長、東北－西南窄的長條形，軸長約1.5km、寬約1.0km。此沖積層在溫泉中上游厚度約20－100m，往東南變厚可達200m。由上往下約可分三層，上下以礫石層為主、中間夾中細砂層。

礁溪溫泉的主要用水層次為地面下20－50m深，此層之水位由西北往東南漸次降低。水位變動與降雨有明顯的相關，2008年9月降雨超過1000mm，水位上升即達1－6m。沖積層的溫度上下兩層較冷、中段較熱，推測因中段為主要抽水層次，人為抽水致使熱水較快補充。此主要熱水層之水溫由西北往東南漸次降低，源頭約65℃、中游55℃、下游45℃。

2007年8月至2010年1月、共二年半的監測，並沒有發現水位或水溫降低；相反的、太子井及國小井的水溫都有微升，推測溫泉井大量的抽熱水，對淺部地層有加熱作用。